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项目名称

RNA测序分析

项目等级

1

项目类型

测序分析

开始时间

2018-03-08 22:53:21

项目简介

转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA（转录本）的集合，包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA， 非编码RNA又包括：tRNA，rRNA，snoRNA，microRNA，piRNA，lncRNA等。通过比较转录组或基因表达谱的研究以揭示生物学现象或疾病发生的分子机制是高通量组学研究的一个常用策略。

项目详情

转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA（转录本）的集合，包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA， 非编码RNA又包括：tRNA，rRNA，snoRNA，microRNA，piRNA，lncRNA等。通过比较转录组或基因表达谱的研究以揭示生物学现象或疾病发生的分子机制是高通量组学研究的一个常用策略。利用高通量测序技术研究转录组在全面快速得到基因表达谱变化的同时，还可以通过测定的序列信息精确地分析转录本的cSNP（编码序列单核苷酸多态性）、可变剪接等序列及结构变异，另外对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有其独特的优势。

转录组测序一直是科研的重头戏

 

基因表达水平研究：基因表达是将基因中蕴含的遗传信息通过转录、剪接、翻译等转变成功能产物的所有加工过程，是生物生命活动的基础和关键。基因从DNA 转录成RNA 是基因表达的首要步骤。基因转录形成的RNA 丰度不同很大程度地影响到基因最终功能产物的分子浓度。因此，检测基因在RNA水平的表达量即基因转录得到的RNA 的丰度成为人们研究基因表达的关键方法。

 

转录本的结构及结构变异研究：利用单碱基分辨率的RNA-Seq 技术可极大地丰富基因注释的很多方面, 包括5′/3′边界鉴定、UTRs区域鉴定以及新的转录区域鉴定等。在发现序列差异(如融合基因鉴定、编码序列多态性研究)方面, RNA-Seq 也展示了其很大的潜力。

转录组分析

一般转录组分析流程

 

转录组测序——最高产的测序和生物信息分析策略

 

[1] Thomson DW, Dinger ME. Endogenous microRNA sponges: evidence and controversy[J]. Nat Rev Genet, 2016, 17(5): 272-283.

 

[2] Huang M, Zhong Z, Lv M, et al. Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma[J]. Oncotarget, 2016.

 

[3] Du Z, Sun T, Hacisuleyman E, et al. Integrative analyses reveal a long noncoding RNA-mediated sponge regulatory network in prostate cancer [J]. Nature communications, 2016, 7.

 

[4] William RJ, Jessica SR, et al. Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs [J]. Nature communications, 2016,4